Na kryjówkę żółwi napadł Shredder ze swoimi żołnierzami. Splinter, Donatello i Leonardo muszą się rozdzielić, by obronić swój dom. W pokoju obserwacyjnym możesz śledzić ruchy Shreddera na wielu monitorach. Chwytaj za broń i strzeż pokrywy, pod którą jest wejście do kryjówki. Wdrap się na drabinę i zrzucaj beczki na złoczyńców z fajnej pułapki. Nie dopuść, by podli napastnicy wysadzili ścianę do pomieszczenia z wentylatorem, a jeśli odkryją tajne drzwi, podnieś ukrytą za nimi zjeżdżalnię i zrzuć ich do celi! Zamknij drzwi klatki, by uwięzić intruzów - niech zapłacą za wejście na terytorium żółwi!